La Flora de nuestro bosque ofrece una amplia variedad de plantas gracias a la diversidad de su geografía y clima. Gran parte de la diversidad de la flora se caracteriza por encontrarse en todo el territorio. Estudios botánicos del Bosque Petrificado Puyango , en el sitio encontraron un promedio de 670 árboles/ha.los cuales se los conoce como: Manejo y conservación de recursos de el Bosque Petrificado de Puyango.
Existe una gran variedad de plantas medicinales como, Achiote, Palo de ajo, Ayarrosa (Rosa de muerto) Bejuco de ajo ( Ajo silvestre), Cachorrillo (Suelda con suelda), Caña Agria, Canchalagua, Ciruela, Congona, Floripondio (Guando), Gramalote (Grama dulce), Hierba de San Juan (Mastrante), Hierba del toro, Inga Rosa, Marco (Altamisa), Mejorana, Moradilla, Ortiga, Pedorrera, Pithaya, Sabaluco (Pico pico), Sábila, Santa María, Sauco, Sierrilla, Uña de lagartija, Vara de la justicia (Hierba de la justicia) Verdolaga.